تعود جذور جامعة ناغاساكي إلى عام 1857 عندما بدأ الطبيب بومبه فان ميردرفورت تدريباً طبياً في مكتب غرب مقر حاكم ناغاساكي. ورغم الدمار الذي لحق بها بسبب القصف الذري عام 1945، أُسست الجامعة رسمياً عام 1949، وبدأت بخمس كليات ومعهد واحد للبحث.